Num modo de história paralela adicional similar ao Minion Quest: The Search for Bowser de seu antecessor, Mario & Luigi: Superstar Saga + Bowser's Minions, Bowser Jr., o endiabrado herdeiro do rei dos Koopas, decide por si só remediar o severo caso de Blorbs, a enigmática doença que se espalha rapidamente entre os cidadãos do Reino do Cogumelo, mas acaba estragando tudo graças ao seu egoísmo e à sua pirraça. Para dar uma mãozinha, Bowser Jr. conta com a criação de um exército particular formado por Magikoopas, Goombas, Ninjis, Espetos (Spinies), Bus, Masquitos (Shy Guys) e até mesmo os tão clássicos Koopalings. Confira o trailer:
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Bowser Jr. parece ter puxado o pai com potencial para comandar seus próprios capangas. É um novo e glorioso passo para o pestinha! Mario & Luigi: Bowser's Inside Story + Bowser Jr.'s Journey chegará às prateleiras do 3DS no dia 11 de janeiro de 2019.