"Os vírus invadiram todos os lugares!"Estes vírus vêm em vários tipos e na maioria das vezes são inomidados, sendo comumente catalogados por suas cores — no entanto, Blue Virus, Red Virus e Yellow Virus, o trio original de micro-organismos infecciosos, já foram chamados de Chill, Fever e Weird, respectivamente. Desta forma, representavam: calafrios, ou a sensação de frio acompanhada por tremores; febre, ou o aumento da temperatura corporal média acima de 37 °C; e, embora não haja uma relação específica entre as palavras "weird" e condições médicas, o vírus amarelo de Dr. Mario pode representar uma doença rara, ou qualquer uma que afete uma porcentagem pequena da população.
— Narrador de Dr. Mario World
Os vírus podem ser erradicados dentro de uma jarra, com a combinação de diferentes pílulas desenvolvidas pela persona médica do Mario, o Dr. Mario, intituladas de Megavitamins. No modo Virus Buster de Dr. Mario Online Rx (WiiWare, 2008), você mesmo, ou seu Mii, pode colocar o jaleco para ajudar a combater este mal através dos quebra-cabeças multicoloridos.
Com a chegada de Dr. Luigi, da Nintendo eShop do Wii U, novos vírus são descobertos no modo Operation L: Dizzy, de cor azul-ciano, Confused, de cor magenta e Drowsy, de um tom alternativo de amarelo. Estes, não possuem pernas e nem as típicas luvas dos vírus originais, e suas cores em particular são baseadas no modelo subtrativo CYMK.
Em Dr. Mario World para smartphones com iOS ou Android, agora com número limitado de pílulas devido às microtransações mobile, todo mundo entra para a briga; e absolutamente qualquer um, de Waluigi a Bowser, dos bebês da série até os capangas Koopa (Koopalings), de Donkey Kong até conceitos jamais antes imaginados como Dr. Fire Rosalina, se voluntaria para o controle das doenças do reino. Claro, todo o esforço é bem-vindo, especialmente sabendo que há quatro novos vírus no pedaço: o verde, o roxo, o azul-claro e o cor-de-rosa. E, agora, estão mais espertos: podem se proteger, esconder e até mesmo se teletransportar de um ponto a outro da grade de contenção.
E se pensa que os vírus do Dr. Mario já são feios o bastante, é porque ainda não viu as versões "piratas" existentes em WarioWare: Twisted! (Game Boy Advance, 2005) e WarioWare Gold (3DS, 2018):